计算蛋白质主链二面角φ和ψ在Ramachandran图中的允许区域占比（通常允许区域占比约70 - 90%），以及这些二面角对蛋白质二级结构（如α - 螺旋、β - 折叠）形成的贡献（α - 螺旋中φ约 - 60°，ψ约 - 45°；β - 折叠中φ约 - 120°，ψ约 + 120°） 🆔 ID: 171849 ✅ 可用
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量化蛋白质分子动力学模拟中力场参数（如AMBER、CHARMM力场）对蛋白质构象变化的影响，其中范德华力参数的截断半径通常为8 - 12?，静电相互作用采用粒子网格Ewald方法，截断半径约10 - 15? 🆔 ID: 171850 ✅ 可用
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建模蛋白质 - 配体相互作用中氢键的形成与断裂动力学，氢键键长一般小于3.0?，键角大于120°，模拟时间步长通常为1 - 2fs，总模拟时长约100 - 1000ps以观察稳定结合状态 🆔 ID: 171851 ✅ 可用
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追踪蛋白质折叠过程中疏水核心的形成，疏水残基（如丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、苯丙氨酸）在蛋白质内部占比约40 - 60%，模拟中通过计算溶剂可及表面积（SASA）变化来监测，SASA变化率约0.1 - 0.5?2/ps 🆔 ID: 171852 ✅ 可用
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计算DNA双螺旋结构在小分子（如药物）结合前后的结构参数变化，螺距约3.4nm，碱基对间距约0.34nm，结合后可能导致螺距变化约0.1 - 0.3nm，碱基对间距变化约0.01 - 0.05nm 🆔 ID: 171853 ✅ 可用
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量化RNA二级结构中茎环结构的稳定性，茎区碱基配对主要为Watson - Crick配对，形成氢键数量约2 - 4个/碱基对，环区大小约3 - 15个核苷酸，通过计算自由能（ΔG）评估稳定性，ΔG通常小于0，约 - 5 - - 20kJ/mol 🆔 ID: 171854 ✅ 可用
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建模蛋白质 - 蛋白质相互作用界面的原子间作用力，其中疏水相互作用贡献约40 - 60%的总结合能，氢键贡献约20 - 40%，离子键贡献约10 - 30%，模拟中采用原子力场计算原子间距离小于0.5nm时的相互作用 🆔 ID: 171855 ✅ 可用
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追踪酶催化反应过程中底物与活性中心的结合与转化，活性中心氨基酸残基与底物的结合距离约0.2 - 0.5nm，反应过渡态的寿命约10?12 - 10??s，通过计算反应能垒（约10 - 50kJ/mol）来评估催化效率 🆔 ID: 171856 ✅ 可用
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计算蛋白质在变性剂（如尿素、盐酸胍）作用下的构象变化，变性剂浓度约1 - 8M时，蛋白质的二级结构和三级结构逐渐破坏，α - 螺旋含量从约30 - 50%降至约10 - 20%，β - 折叠含量从约20 - 30%降至约5 - 10% 🆔 ID: 171857 ✅ 可用
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量化膜蛋白在脂质双层中的嵌入稳定性，膜蛋白的跨膜区主要由疏水氨基酸组成，占跨膜区氨基酸总数的约70 - 90%，脂质双层的厚度约3 - 5nm，膜蛋白与脂质分子的相互作用能约 - 10 - - 30kJ/mol 🆔 ID: 171858 ✅ 可用
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建模生物大分子体系（如蛋白质 - 核酸复合物）的溶剂化效应，采用显式溶剂模型（如TIP3P水分子模型）时，水分子密度约0.997g/cm3，溶剂分子与生物大分子的最近距离约0.2 - 0.3nm，通过计算溶剂化自由能来评估溶剂对体系稳定性的影响 🆔 ID: 171859 ✅ 可用
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追踪蛋白质在高温（约300 - 400K）和低温（约100 - 200K）条件下的构象动力学，高温下蛋白质的构象灵活性增加，均方根位移（RMSD）变化率约0.05 - 0.2?/ps，低温下构象相对稳定，RMSD变化率约0.01 - 0.05?/ps 🆔 ID: 171860 ✅ 可用
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计算核酸（DNA或RNA）在离子（如Na?、Mg2?）存在下的结构稳定性，离子浓度约0.1 - 1M时，核酸的双螺旋结构得到稳定，离子与核酸磷酸骨架的结合距离约0.3 - 0.5nm，通过计算结合自由能来评估离子的稳定作用 🆔 ID: 171861 ✅ 可用
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量化蛋白质 - 糖类相互作用中糖链（如寡糖、多糖）与蛋白质的结合亲和力，结合常数（Ka）约103 - 10?M?1，结合位点主要位于蛋白质的表面凹槽或特定氨基酸残基（如天冬酰胺、丝氨酸、苏氨酸）附近，通过分子对接模拟计算结合自由能（约 - 5 - - 20kJ/mol） 🆔 ID: 171862 ✅ 可用
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建模生物大分子在剪切力（约1 - 10Pa）或拉伸力（约1 - 100nN）作用下的结构响应，蛋白质或核酸的伸展长度变化约0.1 - 1nm，通过计算力 - 位移曲线来评估其力学性质 🆔 ID: 171863 ✅ 可用
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追踪蛋白质在氧化应激（如活性氧ROS，浓度约10 - 100μM）条件下的结构损伤，活性氧可能导致蛋白质的半胱氨酸残基氧化形成二硫键或巯基氧化，氧化程度约1 - 10%的半胱氨酸残基受影响，通过计算氧化产物的生成速率来评估损伤程度 🆔 ID: 171864 ✅ 可用
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计算蛋白质 - 金属离子（如锌离子、铁离子、钙离子）复合物的稳定性和功能，金属离子与蛋白质配体的配位键键长约0.2 - 0.3nm，配位数通常为4 - 6，通过计算配位稳定常数（logKf）来评估结合强度，logKf约4 - 10 🆔 ID: 171865 ✅ 可用
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量化生物大分子体系（如蛋白质 - 蛋白质、蛋白质 - 核酸复合物）的熵变对结合自由能的贡献，熵变主要来源于平动、转动和振动自由度，结合过程中熵变约 - 10 - - 50kJ/mol，通过统计力学方法计算 🆔 ID: 171866 ✅ 可用
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建模生物大分子在pH变化（约2 - 12）条件下的结构与功能变化，pH影响氨基酸残基的质子化状态，如组氨酸的pKa约6.0 - 7.0，在不同pH下其质子化状态改变影响蛋白质的活性和相互作用，通过计算质子化状态的分布来评估pH效应 🆔 ID: 171867 ✅ 可用
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追踪蛋白质在高压（约100 - 1000MPa）条件下的结构压缩与相变，蛋白质的密度增加约1 - 10%，体积压缩率约0.1 - 0.5%，通过计算压力 - 体积关系来评估高压对结构的影响 🆔 ID: 171868 ✅ 可用
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计算生物大分子（如蛋白质、核酸）的热膨胀系数，约10?? - 10??/K，温度升高时生物大分子的体积会相应增加，通过测量不同温度下的结构参数变化来计算 🆔 ID: 171869 ✅ 可用
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量化蛋白质 - 脂质相互作用中脂质（如磷脂、胆固醇）对蛋白质定位和功能的影响，脂质与蛋白质的相互作用能约 - 5 - - 20kJ/mol，脂质在膜中的摩尔分数约10 - 50%，通过模拟脂质双层的流动性和蛋白质在其中的扩散系数（约10?? - 10??cm2/s）来评估相互作用 🆔 ID: 171870 ✅ 可用
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建模生物大分子在电磁场（如电场强度约1 - 10V/cm，磁场强度约0.1 - 1T）作用下的取向和动力学变化，电场或磁场可能影响带电生物大分子（如蛋白质、核酸）的运动方向和速率，通过计算迁移率和旋转扩散系数来评估 🆔 ID: 171871 ✅ 可用
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追踪蛋白质在冷冻（约77 - 196K）和融化（约273 - 373K）过程中的结构变化，冷冻时蛋白质的分子运动减缓，扩散系数降低约10 - 100倍，融化时结构逐渐恢复，通过监测热容变化（约1 - 10J/(mol·K)）来评估相变过程 🆔 ID: 171872 ✅ 可用
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计算生物大分子体系（如蛋白质 - 核酸 - 药物复合物）的结合自由能，采用自由能微扰（FEP）、热力学积分（TI）等方法，结合自由能变化约 - 10 - - 50kJ/mol，通过模拟不同状态下的体系能量来计算 🆔 ID: 171873 ✅ 可用
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量化蛋白质在机械力（约1 - 100nN）作用下的构象变化和力学稳定性，机械力可能导致蛋白质的特定键（如二硫键、氢键）断裂或形成，通过计算力 - 构象关系来评估其力学响应 🆔 ID: 171874 ✅ 可用
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建模生物大分子在辐射（如紫外线、X射线，剂量约1 - 100Gy）作用下的损伤与修复过程，辐射可能导致生物大分子的化学键断裂（如DNA的磷酸二酯键、蛋白质的肽键），损伤程度约1 - 10%的分子受影响，通过模拟修复酶（如DNA聚合酶、蛋白酶）的作用来评估修复效率 🆔 ID: 171875 ✅ 可用
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追踪蛋白质在饥饿（如营养物质缺乏）条件下的结构与功能适应，蛋白质的合成速率降低约10 - 50%，降解速率可能增加约10 - 30%，通过监测蛋白质的含量变化（约10 - 50%）和活性变化（约10 - 50%）来评估适应能力 🆔 ID: 171876 ✅ 可用
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计算生物大分子（如蛋白质、核酸）的扩散系数，在溶液中约10?? - 10??cm2/s，扩散系数与分子大小、形状和溶剂粘度有关，通过荧光标记和测量扩散时间来计算 🆔 ID: 171877 ✅ 可用
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量化蛋白质 - 细胞膜相互作用中膜蛋白的跨膜运输和定位，膜蛋白通过内吞作用或外排作用的运输速率约10?3 - 10??mol/(m2·s)，定位精度约0.1 - 1μm，通过模拟膜蛋白与膜脂质的相互作用能来评估定位机制 🆔 ID: 171878 ✅ 可用
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