计算水分子在300K温度下全原子分子动力学模拟中的扩散系数（约2.0 - 2.5×10??m2/s），采用SPC/E或TIP3P水分子模型，模拟步长为1 - 2fs，总模拟时长约10 - 100ns 🆔 ID: 171912 ✅ 可用
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量化蛋白质 - 水相互作用中氢键的平均寿命（约1 - 10ps），蛋白质表面水分子的取向有序性（通过计算偶极矩相关函数）及水合层厚度（约0.3 - 0.5nm） 🆔 ID: 171913 ✅ 可用
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建模蛋白质主链原子（N、Cα、C）的二面角φ和ψ在模拟中的分布，与Ramachandran图中允许区域的匹配度（约70 - 90%），采用AMBER或CHARMM力场，范德华力截断半径为8 - 12? 🆔 ID: 171914 ✅ 可用
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追踪配体（如小分子药物）与蛋白质结合口袋的结合过程，结合自由能（ΔG）计算采用MM/PBSA或MM/GBSA方法，结合能范围约 - 10 - - 50kJ/mol，结合时间约100 - 1000ps 🆔 ID: 171915 ✅ 可用
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计算DNA双螺旋结构在全原子模拟中的螺距（约3.4nm）和碱基对间距（约0.34nm）的波动范围，模拟中考虑静电相互作用（采用粒子网格Ewald方法，截断半径约10 - 15?） 🆔 ID: 171916 ✅ 可用
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量化RNA二级结构（如茎环结构）中碱基配对（Watson - Crick配对为主）的形成概率（约30 - 70%），通过计算碱基对间的氢键数量（约2 - 4个/碱基对）和自由能（ΔG约 - 5 - - 20kJ/mol） 🆔 ID: 171917 ✅ 可用
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建模膜蛋白（如离子通道、G蛋白偶联受体）在脂质双层（如POPC脂质）中的嵌入结构，跨膜区疏水氨基酸（如亮氨酸、异亮氨酸、缬氨酸）占比约70 - 90%，脂质双层厚度约3 - 5nm 🆔 ID: 171918 ✅ 可用
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追踪酶（如溶菌酶、胰蛋白酶）催化反应过程中底物（如多糖、蛋白质）与活性中心（由特定氨基酸残基组成，如丝氨酸蛋白酶的催化三联体）的结合与转化，反应过渡态的寿命约10?12 - 10??s 🆔 ID: 171919 ✅ 可用
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计算蛋白质在变性剂（如尿素，浓度约1 - 8M）作用下的二级结构（如α - 螺旋、β - 折叠）含量变化，α - 螺旋含量从约30 - 50%降至约10 - 20%，β - 折叠含量从约20 - 30%降至约5 - 10% 🆔 ID: 171920 ✅ 可用
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量化生物大分子体系（如蛋白质 - 核酸复合物）在显式溶剂（如TIP3P水分子）模拟中的溶剂可及表面积（SASA）变化，SASA变化率约0.1 - 0.5?2/ps，用于监测构象变化 🆔 ID: 171921 ✅ 可用
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建模蛋白质 - 蛋白质相互作用界面（如抗原 - 抗体相互作用）的原子间作用力，疏水相互作用贡献约40 - 60%总结合能，氢键贡献约20 - 40%，离子键贡献约10 - 30% 🆔 ID: 171922 ✅ 可用
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追踪DNA与蛋白质（如转录因子）结合过程中DNA构象（如弯曲、扭曲）的变化，DNA弯曲角度约10 - 30°，扭曲角度约5 - 15°，结合时间约100 - 1000ps 🆔 ID: 171923 ✅ 可用
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计算RNA折叠过程中三级结构（如假结结构）的形成概率（约10 - 30%），通过计算RNA分子内碱基配对（包括非Watson - Crick配对）和堆积相互作用（约1 - 5个碱基堆积）的稳定作用 🆔 ID: 171924 ✅ 可用
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建模离子（如Na?、K?、Ca2?）在生物大分子（如离子通道、蛋白质）周围的分布，离子与生物大分子的结合距离约0.2 - 0.5nm，结合能约 - 5 - - 20kJ/mol 🆔 ID: 171925 ✅ 可用
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追踪蛋白质在高温（约300 - 400K）和低温（约100 - 200K）条件下的均方根位移（RMSD）变化，高温下RMSD变化率约0.05 - 0.2?/ps，低温下RMSD变化率约0.01 - 0.05?/ps 🆔 ID: 171926 ✅ 可用
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计算核酸（DNA或RNA）在离子（如Mg2?，浓度约0.1 - 1M）存在下的双螺旋结构稳定性，离子与核酸磷酸骨架的结合距离约0.3 - 0.5nm，通过计算结合自由能评估离子的稳定作用 🆔 ID: 171927 ✅ 可用
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量化蛋白质 - 糖类（如寡糖、多糖）相互作用中糖链与蛋白质的结合亲和力（结合常数Ka约103 - 10?M?1），结合位点主要位于蛋白质表面凹槽或特定氨基酸残基（如天冬酰胺、丝氨酸、苏氨酸）附近 🆔 ID: 171928 ✅ 可用
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建模生物大分子体系（如蛋白质 - 脂质复合物）在剪切力（约1 - 10Pa）或拉伸力（约1 - 100nN）作用下的结构响应，伸展长度变化约0.1 - 1nm，通过计算力 - 位移曲线评估力学性质 🆔 ID: 171929 ✅ 可用
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追踪蛋白质在氧化应激（如活性氧ROS，浓度约10 - 100μM）条件下半胱氨酸残基的氧化状态变化（如形成二硫键或巯基氧化），氧化程度约1 - 10%半胱氨酸残基受影响 🆔 ID: 171930 ✅ 可用
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计算蛋白质 - 金属离子（如锌离子、铁离子、钙离子）复合物的配位键键长（约0.2 - 0.3nm）和配位数（通常为4 - 6），通过计算配位稳定常数（logKf约4 - 10）评估结合强度 🆔 ID: 171931 ✅ 可用
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量化生物大分子体系（如蛋白质 - 蛋白质复合物）的熵变对结合自由能的贡献（约 - 10 - - 50kJ/mol），通过统计力学方法计算平动、转动和振动自由度的熵变 🆔 ID: 171932 ✅ 可用
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建模生物大分子在pH变化（约2 - 12）条件下的质子化状态变化（如组氨酸的pKa约6.0 - 7.0），通过计算不同pH下质子化状态的分布评估对结构和功能的影响 🆔 ID: 171933 ✅ 可用
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追踪蛋白质在高压（约100 - 1000MPa）条件下的体积压缩率（约0.1 - 0.5%）和密度增加（约1 - 10%），通过计算压力 - 体积关系评估高压对结构的影响 🆔 ID: 171934 ✅ 可用
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计算生物大分子（如蛋白质、核酸）的扩散系数（约10?? - 10??cm2/s），通过荧光标记和测量扩散时间评估分子在溶液中的运动能力 🆔 ID: 171935 ✅ 可用
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量化蛋白质在机械力（约1 - 100nN）作用下的构象变化和力学稳定性，通过计算力 - 构象关系评估对特定键（如二硫键、氢键）的破坏或形成作用 🆔 ID: 171936 ✅ 可用
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建模生物大分子在电磁场（如电场强度约1 - 10V/cm，磁场强度约0.1 - 1T）作用下的取向和动力学变化，通过计算迁移率和旋转扩散系数评估电场或磁场对带电生物大分子（如蛋白质、核酸）的影响 🆔 ID: 171937 ✅ 可用
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追踪蛋白质在冷冻（约77 - 196K）和融化（约273 - 373K）过程中的分子运动减缓（扩散系数降低约10 - 100倍）和结构恢复过程，通过监测热容变化（约1 - 10J/(mol·K)）评估相变过程 🆔 ID: 171938 ✅ 可用
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计算生物大分子体系（如蛋白质 - 核酸 - 药物复合物）的结合自由能（约 - 10 - - 50kJ/mol），采用自由能微扰（FEP）、热力学积分（TI）等方法，通过模拟不同状态下的体系能量评估结合稳定性 🆔 ID: 171939 ✅ 可用
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量化蛋白质在光合作用（如光系统Ⅰ、光系统Ⅱ）相关蛋白质（如叶绿素结合蛋白）中的结构域（如卟啉环结合域）对光能吸收和转化的效率（约10 - 30%），通过模拟电子传递和能量转移过程评估功能 🆔 ID: 171940 ✅ 可用
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建模生物大分子在生物合成（如蛋白质合成、核酸合成）过程中的动力学和热力学，蛋白质合成速率约1 - 10个氨基酸/秒，核酸合成速率约1 - 10个核苷酸/秒，通过计算反应速率常数和平衡常数评估合成过程 🆔 ID: 171941 ✅ 可用
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