计算粗粒化模型中珠子（bead）与珠子之间的Lennard - Jones势能参数（ε约0.1 - 1.0kJ/mol，σ约0.3 - 0.8nm），用于描述非键相互作用，模拟体系为聚合物溶液，珠子代表聚合物链段 🆔 ID: 172054 ✅ 可用
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量化粗粒化蛋白质模型中每个珠子代表的氨基酸残基数（约2 - 5个残基/珠子），模拟蛋白质折叠过程，折叠时间尺度约10 - 100ns，通过计算折叠自由能（ΔG约 - 10 - - 50kJ/mol）评估折叠稳定性 🆔 ID: 172055 ✅ 可用
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建模粗粒化DNA模型中双螺旋结构的珠子表示方式，每个珠子代表约2 - 3个碱基对，模拟DNA在离子溶液（如Na?浓度约0.1 - 1M）中的构象变化，螺距变化约0.1 - 0.3nm 🆔 ID: 172056 ✅ 可用
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追踪粗粒化脂质双层模型中脂质分子的扩散系数（约10?? - 10??cm2/s），脂质分子由约5 - 10个珠子表示，模拟温度约298 - 310K，通过计算扩散时间（约10 - 100ps）监测扩散过程 🆔 ID: 172057 ✅ 可用
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计算粗粒化膜蛋白模型中跨膜区珠子与脂质双层珠子的相互作用能（约 - 5 - - 20kJ/mol），跨膜区由约10 - 20个珠子表示，模拟膜蛋白在脂质双层（如POPC脂质）中的嵌入稳定性，结合能变化约10 - 30% 🆔 ID: 172058 ✅ 可用
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量化粗粒化蛋白质 - 配体复合物模型中配体珠子与蛋白质珠子的结合自由能（ΔG约 - 10 - - 50kJ/mol），配体由约5 - 10个珠子表示，通过计算结合常数（Ka约103 - 10?M?1）评估结合亲和力 🆔 ID: 172059 ✅ 可用
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建模粗粒化细胞膜模型中膜脂质（如磷脂、胆固醇）珠子的分布，胆固醇珠子占比约10 - 30%，模拟膜流动性（如扩散系数变化约10 - 30%）和膜厚度（约3 - 5nm） 🆔 ID: 172060 ✅ 可用
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追踪粗粒化生物大分子体系（如蛋白质 - 核酸复合物）在溶剂（如水分子珠子表示）中的构象动力学，溶剂珠子密度约0.997g/cm3，模拟时间步长约1 - 2ps，总模拟时长约100 - 1000ps 🆔 ID: 172061 ✅ 可用
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计算粗粒化酶催化反应模型中底物珠子与活性中心珠子的结合距离（约0.2 - 0.5nm），活性中心由约5 - 10个珠子表示，反应过渡态的寿命约10?12 - 10??s，通过计算反应能垒（约10 - 50kJ/mol）评估催化效率 🆔 ID: 172062 ✅ 可用
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量化粗粒化蛋白质在变性剂（如尿素，浓度约1 - 8M）作用下的二级结构变化，α - 螺旋含量从约30 - 50%降至约10 - 20%，β - 折叠含量从约20 - 30%降至约5 - 10%，每个珠子代表约2 - 3个氨基酸残基 🆔 ID: 172063 ✅ 可用
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建模粗粒化RNA二级结构模型中碱基对珠子的相互作用，Watson - Crick配对珠子间的结合能约 - 1 - - 5kJ/mol，模拟茎环结构的稳定性，自由能（ΔG约 - 5 - - 20kJ/mol） 🆔 ID: 172064 ✅ 可用
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追踪粗粒化生物大分子在剪切力（约1 - 10Pa）或拉伸力（约1 - 100nN）作用下的结构响应，珠子间的相互作用力通过弹簧常数（约10 - 100kJ/(mol·nm2)）计算，伸展长度变化约0.1 - 1nm 🆔 ID: 172065 ✅ 可用
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计算粗粒化蛋白质在氧化应激（如活性氧ROS，浓度约10 - 100μM）条件下半胱氨酸残基珠子的氧化状态变化，氧化程度约1 - 10%的半胱氨酸残基珠子受影响，通过计算氧化产物的生成速率评估损伤程度 🆔 ID: 172066 ✅ 可用
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量化粗粒化蛋白质 - 金属离子（如锌离子、铁离子、钙离子）复合物模型中金属离子珠子与配体珠子的配位键键长（约0.2 - 0.3nm）和配位数（通常为4 - 6），通过计算配位稳定常数（logKf约4 - 10）评估结合强度 🆔 ID: 172067 ✅ 可用
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建模粗粒化生物大分子体系（如蛋白质 - 蛋白质复合物）的熵变对结合自由能的贡献（约 - 10 - - 50kJ/mol），通过统计力学方法计算平动、转动和振动自由度的熵变，每个珠子代表一定数量的原子 🆔 ID: 172068 ✅ 可用
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追踪粗粒化蛋白质在高温（约300 - 400K）和低温（约100 - 200K）条件下的均方根位移（RMSD）变化，高温下RMSD变化率约0.05 - 0.2?/ps，低温下RMSD变化率约0.01 - 0.05?/ps，珠子代表原子团 🆔 ID: 172069 ✅ 可用
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计算粗粒化核酸（DNA或RNA）在离子（如Mg2?，浓度约0.1 - 1M）存在下的双螺旋结构稳定性，离子与核酸磷酸骨架珠子的结合距离约0.3 - 0.5nm，通过计算结合自由能评估离子的稳定作用 🆔 ID: 172070 ✅ 可用
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量化粗粒化蛋白质 - 糖类相互作用模型中糖链（如寡糖、多糖）珠子与蛋白质珠子的结合亲和力（结合常数Ka约103 - 10?M?1），结合位点主要位于蛋白质表面凹槽或特定氨基酸残基（如天冬酰胺、丝氨酸、苏氨酸）附近，通过分子对接模拟计算结合自由能（约 - 5 - - 20kJ/mol） 🆔 ID: 172071 ✅ 可用
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建模粗粒化生物大分子在电磁场（如电场强度约1 - 10V/cm，磁场强度约0.1 - 1T）作用下的取向和动力学变化，珠子所受的力通过电场力（F = qE）和磁场力（F = qvB）计算，通过计算迁移率和旋转扩散系数评估电场或磁场对带电生物大分子（如蛋白质、核酸）的影响 🆔 ID: 172072 ✅ 可用
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追踪粗粒化蛋白质在冷冻（约77 - 196K）和融化（约273 - 373K）过程中的分子运动减缓（扩散系数降低约10 - 100倍）和结构恢复过程，通过监测热容变化（约1 - 10J/(mol·K)）评估相变过程，珠子代表原子团 🆔 ID: 172073 ✅ 可用
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计算粗粒化生物大分子体系（如蛋白质 - 核酸 - 药物复合物）的结合自由能（约 - 10 - - 50kJ/mol），采用自由能微扰（FEP）、热力学积分（TI）等方法，通过模拟不同状态下的体系能量评估结合稳定性，每个珠子代表一定数量的原子 🆔 ID: 172074 ✅ 可用
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量化粗粒化蛋白质在光合作用（如光系统Ⅰ、光系统Ⅱ）相关蛋白质（如叶绿素结合蛋白）中的结构域（如卟啉环结合域）对光能吸收和转化的效率（约10 - 30%），通过模拟电子传递和能量转移过程评估功能，每个珠子代表一定数量的原子 🆔 ID: 172075 ✅ 可用
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建模粗粒化生物大分子在生物合成（如蛋白质合成、核酸合成）过程中的动力学和热力学，蛋白质合成速率约1 - 10个氨基酸/秒，核酸合成速率约1 - 10个核苷酸/秒，通过计算反应速率常数和平衡常数评估合成过程，珠子代表反应中间体或原子团 🆔 ID: 172076 ✅ 可用
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追踪粗粒化蛋白质在免疫反应（如抗原 - 抗体相互作用、细胞免疫）中的构象变化和功能调节，抗原 - 抗体结合亲和力约 - 5 - - 20kJ/mol，结合常数约103 - 10?M?1，免疫细胞（如T细胞、B细胞）表面蛋白质（如受体）在识别抗原后发生构象变化，通过模拟免疫反应过程评估蛋白质作用，珠子代表蛋白质结构域 🆔 ID: 172077 ✅ 可用
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计算粗粒化生物大分子（如蛋白质、核酸）的分子量（蛋白质约103 - 10?Da，核酸约103 - 10?Da），通过氨基酸或核苷酸的组成和数量计算，用于评估分子大小和性质，每个珠子代表一定数量的原子或原子团 🆔 ID: 172078 ✅ 可用
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量化粗粒化蛋白质在生物降解（如酶解、微生物降解）过程中的降解速率（约10?3 - 10??mol/(L·s)），通过模拟降解酶与生物大分子的相互作用评估降解机制和效率，珠子代表生物大分子片段 🆔 ID: 172079 ✅ 可用
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建模粗粒化生物大分子在生物信息学（如序列分析、结构预测）中的数据处理和分析方法，通过计算序列相似性（约30 - 90%）、结构预测准确率（约70 - 90%）评估生物信息学工具的性能，每个珠子代表一定数量的原子或原子团 🆔 ID: 172080 ✅ 可用
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追踪粗粒化蛋白质在生物工程（如蛋白质改造、生物传感器）中的应用和性能，蛋白质改造后可能具有新的功能（如催化活性改变、结合特异性改变），性能提升约10 - 50%，通过模拟改造过程和测试性能评估应用效果，珠子代表蛋白质结构域 🆔 ID: 172081 ✅ 可用
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计算粗粒化生物大分子（如蛋白质、核酸）的稳定性常数（约10 - 1000），反映其在不同条件下的稳定程度，通过计算热力学参数（如吉布斯自由能、焓变、熵变）评估稳定性，每个珠子代表一定数量的原子或原子团 🆔 ID: 172082 ✅ 可用
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量化粗粒化蛋白质在生物传感器（如酶传感器、免疫传感器）中的信号转换效率（约10 - 50%）和灵敏度（约10?? - 10??M），通过模拟生物分子与传感器的相互作用评估传感器性能，珠子代表生物分子与传感器相互作用的关键部位 🆔 ID: 172083 ✅ 可用
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